药物治疗尖锐湿疣带来的痛苦要较小。物理治疗在临床上用得最多的为激光治疗，激光治疗术前要注射麻药，治疗时用高能激光束烧焦疣体，使其碳化，数天后焦化疣体脱落。因外阴部神经丰富，患者通常要忍受比较强烈的疼痛;相对于激光治疗，药物治疗所带来的痛苦要小得多，大多为轻微的不适感，有些患者会在上药时感到疼痛和发痒的感觉，通常比较轻微。　 药物治疗尖锐湿疣恢复时间短。物理治疗从治疗开始创面完全愈合创面处皮肤恢复正常，整个过程约需要20天左右，而药物治疗整个过程只需要几天时间。药物治疗对皮肤的损伤要小一些，疣体脱落后创面恢复时间短，一般只须1-3天。尖锐湿疣的治疗后创面恢复时间越长，说明所受损伤越严重。　 药物治疗后发生感染、留疤痕的可能性要比物理治疗小。而发生感染则容易引起下一次尖锐湿疣复发，这也是物理治疗容易复发的一个原因。　 药物治疗尖锐湿疣以后，还可以治疗疣体周围的病毒感染即尖锐湿疣亚临床感染，有效抑制尖锐湿疣复发。激光治疗方法虽然理论上可以用浅表凝固法治疗亚临床感染，但在实际临床中却很难开展这项工作，因为可能会因操作不当给患者造成广泛糜烂，故多数医院不愿冒此风险。